男性生殖器上的小颗粒可能是以下三种原因之一：

1. 光泽苔藓，治疗方法是使用他克莫司、维A酸软膏等药物。

2. 尖锐湿疣，通过性接触感染人乳头瘤状病毒所致，治疗方法是使用鬼臼毒素、咪喹莫特等药物。

3. 珍珠状阴茎丘疹，是一种生理变异，通常无需治疗，除非存在疼痛或其他症状。